20 Orodja z odprto kodo lahko pomagajo raziskavam Cure C-19-Cure

Vlade, znanstveniki in raziskovalne ustanove uporabljajo tehnologijo in inovacije za reševanje problema COVID-19.


Razvita so orodja z odprto kodo, nekatera pa se še naprej preizkušajo, da podprejo prizadevanja, ki so usmerjena v čim manjše izide tega smrtno nevarnega virusa.

Na voljo je že vrsta odprtokodnih orodij, ki raziskovalcem pomagajo spoznati bolezen, prepoznati širjenje, preprečiti širjenje in zmanjšati nadaljnje širjenje in smrt. Na spletni strani je na voljo vrsta projektov Ekosistem izobraževanja ki opisuje uporabo različnih orodij.

Ta članek obravnava nekaj odprtokodnih orodij in knjižnic, ki se uporabljajo pri nadzorovanju, preprečevanju in zadrževanju, diagnozi in zdravljenju COVID-19.

COVID-19 sledilni zemljevid

Januarja je Center za sistemsko znanost in inženiring JHU predstavil COVID-19 Globalni sledilni zemljevid ki je hitro postal mednarodno zaupanja vreden vir podatkov, ki se razvijajo v pandemiji, v realnem času.

Zemljevid je odprtokoden in ga uporabljajo vrhunske medijske organizacije, majhne organizacije in lokalne samouprave za raziskave in vizualizacijo.

DXY-COVID-19-Crawler

DXY-COVID-19-Crawler je eden najzgodnejših odprtokodnih projektov, razvit za odziv na COVID-19 januarja.

Razvijalci so uporabili podatke z DXY.cn, spletnega mesta, ki so ga kitajski zdravniki uporabljali za poročanje in spremljanje primerov. Razvili so spletni pajek, ki je zbral podatke s spletnega mesta in jih dal na voljo prek API-ja in podatkovnega skladišča. Koda je na voljo na Github.

Odprite komplet podatkov

Odprti komplet podatkov (ODK) ni novo orodje. Uporabljali so ga že pred izbruhi ebole v Zahodni Afriki leta 2004 in novejšim izbruhom v Demokratični republiki Kongo leta 2019.

Uporabnikom pomaga predvsem pri zbiranju, upravljanju in uporabi podatkov za sledenje stikov, strateško kartiranje, podporo odločanju, preobčutljivost skupnosti in upravljanje primerov..

Skupnost ODK je svojo uporabo še izboljšala kot odziv na COVID-19, tako da je v svojih razmestitvah dala na voljo obrazec za poročanje. Obrazec je zasnovan v skladu s protokolom Svetovne zdravstvene organizacije za preiskovanje primerov ter iskanje stikov in preiskave.

Vodilni razvijalci ponujajo tudi brezplačno podporo za vsako organizacijo, ki je namenila ODK kot odgovor na COVID-19.

Nextstrain

Nextstrain sledi evoluciji patogenov. Prej se je uporabljal za določitev družinske anamneze bolezni, kar omogoča napovedovanje napredovanja bolezni.

Uspešno se uporablja pri prejšnjih epidemijah, kot je ebola. Z genetskimi podatki Globalne pobude za izmenjavo vseh podatkov o gripi (Gisaid) se Nextxtrain uporablja za spopadanje s COVID-19.

DHIS2

Verjetno že veste DHIS2. Je največji svetovni sistem upravljanja zdravstvenih informacij. Uporablja se v več kot 70 državah. Kot del odgovora na COVID-19 je DHIS2 izdal digitalni paket podatkov, ki pospešuje odkrivanje okužb, poročanje, nadzor in zdravljenje bolezni.

Digitalni podatkovni paket DHIS2 uporablja standardne metapodatke, ki so usklajeni s protokolom SZO o definiciji primera in nadzorom primerov COVID-19, da se omogoči hitro uvajanje in odziv.

Pikobar Zahodna Java

Indonezijski informacijski in koordinacijski center za bolezni in nesreče je center za krizne odzive, ustanovljen za ublažitev in odzivanje na COVID-19 v provinci Zahodna Java Indonezije.

Jabar Digital Service je kot del odziva razvil an odprtokodno spletno orodje in aplikacija ki uporabnikom omogoča dostop do najnovejših podatkov COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS je sistem oskrbe pacientov, ki se uporablja v mnogih državah v razvoju po vsem svetu. Zaradi prožnosti sistema OpenMRS sistem, države, ki imajo svoje zdravstvene vire nakrčene, jih lahko uporabljajo za nadzor, presejalne preglede in zdravljenje COVID-19.

Sistem jim lahko pomaga razširiti zmogljivosti tako, da jim omogoči dostop do znanstveno utemeljenih informacij o soočanju s krizo.

OpenLMIS

The Projekt OpenLMIS uporablja taktiko, usmerjeno v skupnost, za razvoj odprtokodnega in prilagodljivega informacijskega sistema za upravljanje logistike. Sistem OpenLMIS želi izboljšati natančnost podatkov, povečati odgovornost, izboljšati pravočasnost in prepoznavnost podatkov.

Sistem OpenLMIS želi izboljšati zdravstvene oskrbovalne verige, seznam zdravstvenih virov, da bi zagotovili jasno sliko razpoložljivih medicinskih potrebščin, vključno s testnimi kompleti in osebnimi zaščitnimi sredstvi (osebna zaščitna oprema). To orodje je mogoče učinkovito uporabiti za podporo odločevalcem pri dodeljevanju virov kot odzivu na COVID-19.

Zdravstvena mesta

The Globalni projekt preslikave zdravstvenih mest je projekt, katerega namen je preslikati vsako zdravstveno ustanovo na svetu in omogočiti dostop do podrobnosti o vsaki bolnišnici. Podatki o zdravstvenih ustanovah so bili dostopni prek API-ja.

S sodelovanjem z uporabniki skupina Healthsites.io zajame in potrdi lokacijo in kontaktne podatke vsake zdravstvene ustanove ter podatke omogoči prosto dostopnost in dostopnost prek licence Open Data.

SORMAS

SORMAS (Sistem za vodenje in analiziranje odzivnosti izbruha) je odprtokodni mobilni sistem e-zdravja. Uporabljen je za izvajanje nadzora bolezni in postopkov za obvladovanje izbruha bolezni.

Učinkovito je bil nameščen v več državah, vključno z Gano, Nigerijo, Nepalom in Fidžijem, za nadzor in zgodnje odkrivanje COVID-19.

SORMAS je brezplačen odprtokodni sistem, ki sledi standardom varstva podatkov.

Tokio COVID-19

Za razliko od mnogih drugih mest in vlad, je Tokijska metropolitanska vlada je razvil spletno mesto z odprto kodo, ki svoje prebivalce obvešča o COVID-19. S tem ko je odprtokodno spletno mesto videlo prispevke več kot 200 uporabnikov. Tri druga mesta, Chiba, Nagano in Fukuoka, so poustvarili spletno mesto.

OpenELIS

Namen Zdravstveni sistem OpenELIS je izboljšati zdravstveno varstvo z zagotavljanjem naprednega, na standardih zasnovanega laboratorijskega sistema za upravljanje informacij, ki ga lahko različne zdravstvene pobude uporabljajo za izboljšanje možnosti zdravljenja.

Izbruh COVID-19 je predstavljal svetovni izziv sledenja stikov in množičnega testiranja sumov. Sistem OpenELIS je mogoče učinkovito uporabiti pri reševanju COVID-19 za lažje sledenje laboratorijskih testov in rezultatov.

Priročnik o zdravstvenem varstvu Skupnosti

The Priročnik o zdravstvenem varstvu Skupnosti je zbirka odprtokodnih orodij in virov odprtega dostopa, ki so namenjeni oblikovanju in uvajanju digitalnih orodij za uporabo v zdravstvenih pobudah skupnosti na težko dostopnih področjih.

Skupnost razvijalcev zdravstvenih orodij Skupnosti je bila uporabljena za razvoj orodij in virov, katerih namen je podpirati zdravstvene zdravstvene delavce v skupnosti pri reševanju COVID-19.

ZAVOR

The COVID-19 Model bolnišničnega vpliva na epidemije (CHIME) je odprtokodna aplikacija, ki so jo razvili znanstveniki s podatkov o medicini Penn Medicine – University of Pennsylvania. Je spletno orodje, ki omogoča bolnišnicam, da predvidijo vpliv virusa na zdravstvene vire.

Razvit je s pomočjo Python in odvisnosti od pandas odprtokodnih virov.

Zemljevid oskrbe COVID

The Zemljevid oskrbe COVID pomaga pri preslikavi že obstoječih zdravstvenih virov in pri napovedovanju vrzeli v bolniških posteljah, ventilatorjih, sanitetnem materialu in osebju. Vse metode, orodja za obdelavo podatkov, vizualizacije in izvorna koda so brezplačna in odprtokodna.

Projekt COVID Care Map želi predvideti in ukrepati, da pokliče podporo za učinkovito oskrbo hitro naraščajočega števila okužb COVID-19 in tistih, ki potrebujejo intenzivno nego.

Locale.ai

Locale.ai je razvil odprtokodno interaktivno vizualizacijo vseh potrjenih primerov COVID-19 po vsem svetu. Poizveduje odprtokodni niz podatkov z univerze John Hopkins.

Locale.ai je razvil Spletno mesto za vizualizacijo COVID-19 z uporabo Vue.js, ki je priljubljen okvir, ki razvijalcem omogoča ustvarjanje sodobnih spletnih aplikacij.

COVID-19 po vsem svetu

Ta aplikacija uporablja vizualizacijo zemljevida za spremljanje širjenja COVID-19, potrjenih primerov in razvoja bolezni po vsem svetu. Uporablja podatke iz John Hopkins CSSE.

Koronavirusni sledilnik

To je sijoča ​​aplikacija, ki jo je razvil John Coene. Spremlja širjenje COVID-19 z uporabo podatkov iz Johna Hopkinsa, podatkov DXY in Weixina. Aplikacija prikazuje število sumov, potrjenih in povrnjenih primerov glede na čas in regijo. Koda je na voljo na Github.

COVID-19 Globalni primeri

COVID-19 Globalni primeri je bleščeča aplikacija, ki jo je razvil Christoph Schoenenberger in prikazuje razvoj COVID-19 na zemljevidu, ploskvah, povzetkih tabel in številk. Njegova koda je na voljo na Githubu.

Vlade in COVID-19

To je aplikacija Sijaj Sebastian Engel-Wolf. V njem je prikazana eksponentna rast COVID-19, dnevi do podvojitve okužb, potrjeni primeri, stopnja umrljivosti in število potrjenih primerov na 100.000 ljudi v različnih regijah. Koda je na voljo na Githubu.

Zavijanje

Skupnost odprtih virov se je hitro in učinkovito odzvala na pandemijo COVID-19. Številni projekti so zgrajeni in se še naprej gradijo za spopadanje s širjenjem bolezni. Ta članek opisuje nekatere projekte. Še vedno obstaja negotovost, kako bo bolezen napredovala v prihodnjih tednih. V boju proti tej smrtonosni bolezni bo našlo več projektov, ki bodo lahko vplivali na obstoječe odprtokodne tehnologije.

Ostani varen!

Članek dr. Michaela J. Garbadeja, izvršnega direktorja, Ekosistem za izobraževanje

Jeffrey Wilson Administrator
Sorry! The Author has not filled his profile.
follow me
    Like this post? Please share to your friends:
    Adblock
    detector
    map