20 Open-source Tools môže pomôcť pri prieskume COVID-19 Cure Research

Vlády, vedci a výskumné inštitúcie využívajú technológiu a inovácie na riešenie problému COVID-19.


Boli vyvinuté nástroje s otvoreným zdrojovým kódom a niektoré sa naďalej testujú na podporu úsilia, ktoré sa vynaložilo na minimalizovanie výsledkov tohto smrtiaceho vírusu..

Už existuje celý rad nástrojov s otvoreným zdrojom, ktoré pomáhajú výskumným pracovníkom dozvedieť sa o chorobe, identifikovať šírenie, zabrániť šíreniu a minimalizovať ďalšie šírenie a úmrtia. Na internete je k dispozícii celý rad projektov Ekosystém vzdelávania to naznačuje, ako používať rôzne nástroje.

Tento článok sa zameriava na niektoré nástroje a knižnice s otvoreným zdrojovým kódom, ktoré sa používajú pri monitorovaní, prevencii a zadržiavaní, diagnostike a liečbe COVID-19..

Mapa sledovania COVID-19

V januári spustilo Centrum pre vedu a techniku ​​JHU COVID-19 Globálna mapa sledovania ktorý sa rýchlo stal medzinárodne dôveryhodným zdrojom vyvíjajúcich sa pandemických údajov v reálnom čase.

Mapa je otvoreným zdrojom a používa sa na podporu úsilia v oblasti výskumu a vizualizácie špičkových mediálnych organizácií, malých organizácií a miestnych samospráv.

DXY-COVID-19 Crawler

DXY-COVID-19-Crawler je jedným z prvých open-source projektov vyvinutých na reakciu na COVID-19 v januári.

Vývojári využili údaje z lokality DXY.cn, stránky, ktorú používali čínski lekári na hlásenie a sledovanie prípadov. Vyvinuli webový prehľadávač, ktorý zhromažďoval údaje z webu a sprístupňoval ich prostredníctvom rozhrania API a dátového skladu. Kód je k dispozícii na Github.

Otvorte dátovú súpravu

Open Data Kit (ODK) nie je nový nástroj. Bola použitá predtým počas ohnísk eboly v západnej Afrike v roku 2004 a novšieho ohniska v Konžskej demokratickej republike v roku 2019..

Pomáha hlavne používateľom zhromažďovať, spravovať a používať údaje na sledovanie kontaktov, strategické mapovanie, podporu rozhodovania, senzibilizáciu v komunite a správu prípadov..

Komunita ODK ďalej rozšírila svoje používanie v reakcii na COVID-19 sprístupnením formulára na podávanie správ vo svojich nasadeniach. Formulár je navrhnutý podľa protokolu Svetovej zdravotníckej organizácie na vyšetrovanie prípadov a sledovanie a vyšetrovanie kontaktov.

Hlavní vývojári tiež poskytujú bezplatnú podporu akejkoľvek organizácii, ktorá nasadila ODK v reakcii na COVID-19.

Nextstrain

Nextstrain sleduje vývoj patogénov. Už predtým sa používa na vypracovanie rodinnej anamnézy choroby, čo umožňuje predpovedať progresiu choroby.

Úspešne sa použil pri predchádzajúcich epidémiách, ako je Ebola. Prostredníctvom genetických údajov z Globálnej iniciatívy o zdieľaní všetkých údajov o chrípke (Gisaid) sa Nextxtrain používa na riešenie COVID-19.

DHIS2

Pravdepodobne už viete DHIS2. Je to najväčší systém riadenia informácií o zdraví na svete. Používa sa vo viac ako 70 krajinách. V rámci reakcie na COVID-19 spoločnosť DHIS2 vydala balík digitálnych údajov, ktorý urýchľuje detekciu infekcie, podávanie správ, dohľad a liečbu tejto choroby..

Balík digitálnych údajov DHIS2 využíva štandardné metadáta, ktoré sú v súlade s protokolom WHO o definícii a sledovaní prípadov COVID-19 a umožňujú rýchle nasadenie a reakciu.

Pikobar West Java

Indonézske informačné a koordinačné centrum pre choroby a katastrofy je krízovým strediskom vytvoreným na zmiernenie a reakciu na COVID-19 v indonézskej provincii Západná Jáva..

Digitálna služba Jabar v rámci reakcie vyvinula otvorený webový nástroj a aplikácia ktorý používateľom umožňuje prístup k najnovším údajom COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS je systém starostlivosti o pacienta používaný v mnohých rozvojových krajinách po celom svete. Vzhľadom na flexibilitu systému Systém OpenMRS, krajiny, ktoré majú obmedzené zdroje zdravotnej starostlivosti, ich môžu použiť na sledovanie, skríning a liečbu COVID-19.

Tento systém im môže pomôcť rozšíriť ich kapacity tým, že im poskytuje prístup k vedeckým informáciám o riešení krízy.

OpenLMIS

Projekt OpenLMIS využíva taktiku zameranú na komunitu na vývoj otvoreného a nastaviteľného informačného systému riadenia logistiky. Systém OpenLMIS sa snaží zlepšiť presnosť údajov, zvýšiť zodpovednosť, zlepšiť aktuálnosť údajov a zviditeľniť sa.

Cieľom systému OpenLMIS je zlepšiť zásobovacie reťazce v oblasti zdravia, súpis zdravotníckych zdrojov s cieľom poskytnúť jasný obraz o dostupných zdravotníckych pomôckach vrátane testovacích súprav a OOP (osobné ochranné vybavenie). Tento nástroj je možné účinne nasadiť na podporu osôb s rozhodovacou právomocou pri prideľovaní zdrojov v reakcii na COVID-19.

Healthsites

Projekt globálneho mapovania zdravotných stavov je projekt zameraný na mapovanie všetkých zdravotníckych zariadení na svete a na sprístupnenie detailov o každej nemocnici. Údaje o zdravotníckych zariadeniach boli sprístupnené prostredníctvom API.

Spolupráca s používateľmi tím healthsites.io zachytáva a overuje umiestnenie a kontaktné údaje každého zdravotníckeho zariadenia a sprístupňuje údaje voľne a prístupne prostredníctvom licencie Open Data License.

SORMAS

SORMAS (Systém riadenia a analýzy reakcie na reakcie na ohnisko) je otvorený mobilný systém elektronického zdravotníctva. Bola nasadená na implementáciu kontroly chorôb, ako aj postupov manažmentu ohniska.

Účinne sa nasadil vo viacerých krajinách vrátane Ghany, Nigérie, Nepálu a Fidži na sledovanie a včasnú detekciu COVID-19..

SORMAS je bezplatný systém s otvoreným zdrojovým kódom, ktorý dodržiava normy ochrany údajov.

Tokio COVID-19

Na rozdiel od mnohých iných miest a vlád, Tokio metropolitná vláda vyvinula webovú stránku s otvoreným zdrojovým kódom, ktorá informuje svojich obyvateľov o COVID-19. Tým, že to urobil open-source, stránka zaznamenala príspevky od viac ako 200 používateľov. Tri ďalšie mestá, Chiba, Nagano a Fukuoka, vytvorili novú webovú stránku.

OpenELIS

Účel Zdravotný systém OpenELIS je zlepšiť zdravotnú starostlivosť poskytnutím progresívneho systému správy laboratórnych informácií založeného na normách, ktorý je možné využiť rôznymi iniciatívami v oblasti zdravia na zlepšenie možností liečby.

Ohnisko COVID-19 predstavuje globálnu výzvu na sledovanie kontaktov a hromadné testovanie podozrivých prípadov. Systém OpenELIS môže byť efektívne nasadený pri riešení COVID-19 na uľahčenie sledovania laboratórnych testov a výsledkov.

Súbor nástrojov Spoločenstva v oblasti zdravia

Súbor nástrojov Spoločenstva v oblasti zdravia je zbierka nástrojov s otvoreným zdrojom, ako aj zdrojov s otvoreným prístupom, ktoré sa zameriavajú na vytváranie a zavádzanie digitálnych nástrojov na použitie v iniciatívach v oblasti zdravia v oblastiach, ktoré sú ťažko dosiahnuteľné.

Vývojová komunita nástrojov Spoločenstva pre zdravie sa zmobilizovala s cieľom vyvinúť nástroje a zdroje, ktorých cieľom je podpora zdravotníckych pracovníkov v komunite pri riešení problému COVID-19.

GONG

Model dopadu na epidémiu COVID-19 v nemocnici (CHIME) je open-source aplikácia vyvinutá vedcami údajov na Penn Medicine – University of Pennsylvania. Je to online nástroj, ktorý umožňuje nemocniciam predvídať vplyv vírusu na zdroje zdravotnej starostlivosti.

Je vyvíjaný pomocou Pythonu a závislosti na otvorených zdrojoch pand.

Mapa starostlivosti o COVID

Mapa starostlivosti o COVID pomáha pri mapovaní už existujúcich zdrojov zdravotnej starostlivosti a pri predpovedaní medzier v nemocničných lôžkach, ventilátoroch, zdravotníckych pomôckach a personálnom zabezpečení. Všetky metódy, nástroje na spracovanie údajov, vizualizácie a zdrojový kód sú bezplatné a open-source.

Cieľom projektu COVID Care Map je predvídať a konať, aby privolalo podporu na účinnú starostlivosť o rýchlo rastúci počet infekcií COVID-19 a tých, ktorí potrebujú intenzívnu starostlivosť..

Locale.ai

Locale.ai vyvinula open-source interaktívnu vizualizáciu všetkých potvrdených prípadov COVID-19 po celom svete. Dopytuje otvorený zdroj údajov z John Hopkins University.

Locale.ai vyvinul Webová stránka vizualizácie COVID-19 pomocou Vue.js, čo je populárny rámec, ktorý vývojárom umožňuje vytvárať moderné webové aplikácie.

COVID-19 po celom svete

Táto aplikácia využíva vizualizáciu máp na sledovanie šírenia COVID-19, potvrdených prípadov a vývoja choroby na celom svete. Využíva údaje z CSS Johna Hopkinsa.

Sledovač koronavírusu

Toto je Lesklá aplikácia, ktorú vyvinul John Coene. Sleduje šírenie COVID-19 pomocou údajov od John Hopkins, DXY a Weixin. Aplikácia zobrazuje počet podozrivých, potvrdených a obnovených prípadov podľa času a regiónu. Kód je k dispozícii na Github.

Globálne prípady COVID-19

Globálne prípady COVID-19 je Lesklá aplikácia vyvinutá Christophom Schoenenbergerom, ktorá ukazuje vývoj COVID-19 na mape, pozemkoch, súhrnných tabuľkách a obrázkoch. Jeho kód je k dispozícii na serveri Github.

Vlády a COVID-19

Toto je Shiny aplikácia vyvinutá spoločnosťou Sebastian Engel-Wolf. Zmapuje exponenciálny rast COVID-19, dni zdvojnásobenia infekcií, potvrdené prípady, úmrtnosť a počet potvrdených prípadov na 100 000 ľudí v rôznych regiónoch. Tento kód je k dispozícii na serveri Github.

Zabalenie

Komunita s otvoreným zdrojom reagovala rýchlo a efektívne na pandémiu COVID-19. Boli vybudované mnohé projekty, ktoré sa naďalej stavajú na riešenie šírenia choroby. Tento článok popisuje niektoré projekty. Stále existuje neistota o tom, ako sa bude choroba vyvíjať v nasledujúcich týždňoch. Viac projektov, ktoré môžu využiť existujúce technológie s otvoreným zdrojovým kódom, nájde miesto v boji proti tejto smrteľnej chorobe.

Zostať v bezpečí!

Článok Dr. Michael J. Garbade, generálny riaditeľ, Education Ecosystem

Jeffrey Wilson Administrator
Sorry! The Author has not filled his profile.
follow me
    Like this post? Please share to your friends:
    Adblock
    detector
    map